Tras más de diez años regresó a casa. El futbolista Juan Manuel Vargas es oficialmente el nuevo refuerzo de Universitario de Deportes, y se convierte en uno de los fichajes de la temporada. Llega para adueñarse de la banda izquierda. 

En la cuenta de Twitter del club 'crema' aparecen tres imágenes donde se ve al 'Loco' estampar su firma para jugar en el club por seis meses a fin de participar en el Torneo Descentralizado y en la Copa Libertadores 2017. 

“Y un día volvió. Juan Manuel Vargas es el nuevo refuerzo de @Universitario ¡Bienvenido a casa, Loco! #BienvenidoLoco”, se anuncia en la red social.

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En otras imágenes aparece agarrando posando con la camiseta, y en otra fotografía aparece junto al gerente general de Universitario, César Vento Vargas. El 'loco' se convierte en el octavo fichaje del cuadro crema. 

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A esta hora, el 'Loco' se encuentra en su primer entrenamiento en las instalaciones de Campo Mar, en Lurín.

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Su última temporada en la “U” fue en el 2004, en ese año el equipo ocupó el quinto lugar del cuadro general.

El retorno del jugador, de 33 años, se da a conocer en medio de las informaciones que su colega Jefferson Farfán también evalúa su regreso al club Alianza Lima.