El indulto fue incorporado por las repúblicas como un mecanismo extraordinario de equidad, heredero del viejo derecho de gracia real. Lejos de ser un recurso de naturaleza populista o de cálculo demagógico, la gracia presidencial es una facultad reservada al jefe de Estado que exige un uso prudencial y responsable. En la práctica contemporánea existe una errónea aplicación del indulto cuando se confunden las gracias presidenciales con los beneficios carcelarios. Si bien los últimos constituyen derechos reglamentados del sistema penitenciario bajo el control judicial, el indulto es un acto político-constitucional excepcional que opera de forma autónoma al régimen ordinario de ejecución penal.

La aplicación del indulto no debe ser la regla sino la excepción y encuentra su justificación cuando concursan factores humanos, sociales o políticos que hacen que la permanencia de un ciudadano en prisión devenga en injusta. De este modo, se trata de una prerrogativa que no solo se diseñó para figuras públicas caídas en desgracia, sino para cualquier ciudadano común cuya situación penal exija una corrección por equidad.

Todo indulto atiende a una dimensión humanitaria, pues supone reconocer que una persona, aun habiendo sido condenada mediante el debido proceso, atraviesa circunstancias particulares de salud, sociales, culturales o políticas donde la piedad debe primar sobre el rigor de la pena. El ejercicio de esta facultad con sensatez y ponderación no debilita al Estado Constitucional de Derecho ni tampoco al Poder Judicial; por el contrario, resguarda el valor supremo de la justicia allí donde la aplicación de la pena deja de ser justa.

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