La Junta Nacional de Justicia fue creada entre otros fines para proveer al Poder Judicial y Ministerio Público de jueces y fiscales disminuyendo la provisionalidad, y que estos nuevos magistrados titulares, sean probos, imparciales, con incuestionable capacidad intelectual y humana. Lamentablemente ello no ha ocurrido y la percepción de corrupción que se tiene tanto a nivel del Poder Judicial como Ministerio Público es elevada, con el agravante que la provisionalidad no ha disminuido. Para citar un ejemplo, la Corte Suprema de la República cuenta con aproximadamente 60 jueces supremos de los cuales sólo 20 son titulares. Es innegable que la JNJ representa la antítesis de su creación. Concebida para garantizar imparcialidad, encarna favoritismo, así, se retrasan acciones o medidas disciplinarias para sus allegados y actúan céleremente cuando las sanciones son para quienes suponen sus  enemigos, como la exfiscal de la Nación Patricia Benavides.

Dónde está la “mano” de la JNJ, en relación a lo que ocurre en el Ministerio Público, una lucha de prevalencia de sectores, definidos no por aspectos  jurídicos propios de su fin constitucional, que son la defensa de la legalidad e intereses públicos, o estrategias de lucha contra el crimen organizado, la delincuencia  o la corrupción. Más bien pugnan  por preservar espacios de poder.Frente a la crisis de  corrupción e inseguridad ciudadana, vemos que el Ministerio Público como el Poder Judicial, son parte del problema, en la medida que no se abastecen para desarrollar sus funciones de una manera eficaz que permita disminuir los niveles de corrupción e inseguridad, en consecuencia se necesita reorganizar el sistema de justicia, partiendo por la insostenible  JNJ.