La Parroquia San Juan Bautista del Partido de Puno se fundó en el año 1562, bajo ordenanza prelatural del obispo de La Paz, con lo que se desmembra la Parroquia de Paucarcolla, de donde dependía administrativa y parroquialmente.

Ese mismo año, este hecho fue puesto en conocimiento del virrey García Sarmiento de Sotomayor, Conde de Salvatierra, del Virreynato del Perú.

En la capilla se guarda la adorada imagen de la Virgen de la Candelaria.

CAPILLA. El trajín del gentío comenzaba a darle vida a los parajes de la Villa de San Carlos de Borromeo de Puno y la Parroquia San Juan Bautista, ya instituido como Iglesia de la feligresía, registra en el Libro de bautizos y defunciones de españoles residentes en esas tierras, el primer bautismo de Francisco de la Torre de Escarcena (española), el 8 de abril de 1675, hijo de Don Miguel de la Torre y Doña Isabel de Escarcena. Apadrinaron este fausto acontecimiento Don Francisco Manuel de la Torre y esposa. El celebrante fue el Rvdo. Padre Silvestre Valdez.

Posteriormente, antes de la llegada de los ferrocarriles a Puno (1873), la infraestructura del templo era muy parecida a lo que es actualmente. Años más tarde sufre un voraz incendio, merced a un petardo o al fuego descuidado de la quema de los “Khapus”, consumiéndose todo el techo de paja de ichu y totora, dañando seriamente el conjunto infraestructural.

Ya para el año de 1887, el templo se encontraba totalmente reconstruido, casi tal como se aprecia actualmente. Este templo tiene la imagen de la Mamita Candelaria.

En 1988, el monseñor Jesús Mateo Calderón Barrueto, elevó este templo a la categoría de Santuario de la Santísima Virgen.