La Bahía Interior de Puno y la Bahía de Coata son ecosistemas muy importantes para nuestra región desde el punto de vista socio - ambiental, las que están siendo afectadas por las actividades humanas. El daño se ha incrementado en las dos últimas décadas.
El recurso hídrico en el lago Titicaca exige la aplicación de medidas de control y recuperación de manera urgente, los resultados que muestra el Proyecto Especial Binacional Lago Titicaca de Puno luego del control de análisis físico en las aguas del Lago Titicaca, refire que año tras año la polución está en aumento.
La contaminación orgánica y bacteriológica, es producida por las aguas residuales provenientes de la ciudad de Puno, en la bahía interior de Puno (Lago Titicaca), y por las de Juliaca, en el río Coata (Desembocadura del río Coata y bahía de Coata).
Los resultados indican que en la totalidad lugares visitados en el muestreo, arroj que los metales están dentro de los límites permisibles que fija el marco legal vigente para la conservación del ambiente acuático en lagos y lagunas; sin embargo, existen inconvenientes específicos como el plomo en la zona de tránsito turístico hacia las islas de Taquile – Amantan y Suasi, y con respecto al hierro y cobre frente a la desembocadura del río Ramis que recibe la influencia de la actividad minera en la parte superior de la cuenca.
En Desaguadero, la bahía de Puno se halla con un nivel intermedio de productividad y es vulnerable a la influencia de contaminación de la bahía interior de la ciudad de Puno, al igual que la bahía de Cohana en el sector Boliviano.
Las fuentes principales de contaminación son: vertimiento de aguas residuales, tratadas y sin tratar; aguas de drenaje que transportan residuos orgánicos y se vierten a las Bahías, y los residuos sólidos que no son recolectados. Los residuos sólidos que generan las ciudades circunlacustres son también una fuente importante del daño.