Tal prosperidad motivó la llegada de esclavos negros africanos debido a la desaparición de los indígenas víctimas del maltrato. Eran marcados con hierro candente (carimba) se dedicarían a trabajar en trapiches, fábricas de jabón, chacras y servicios domésticos. Los llegados pertenecían a las etnias Bantú, Cazimba, Auzaze, Tembo, Camerún, Sudán, Mandés, Mandinga, malinka, Susú y Salima. Eran castigados y asesinados, según su "falta", en el cerro "La Horca".
En 1606, el día 21 de marzo, Llega a Zaña la luz de Dios en la persona de Santo Toribio Alfonso de Mogrovejo y Robledo, segundo Arzobispo de Lima. Lo hace en plena semana santa y se hospeda en casa del Padre Juan de Herrera Sarmiento. Santo Toribio se opuso siempre a todo tipo de abuso y exceso contra los indígenas y los negros. Su posterior muerte unos días después, constituye una de las primeras desgracias de zaña.
Poco tiempo después cambia el destino de la Villa. En 1680, Edwar Davis, temido pirata, en su nave "Tigre" repleta de marineros y cargada con 36 cañones; desembarca en Chérrepe y saquea Zaña durante siete días. El robo y el secuestro es la constante. Doña Mencia, joven aristócrata de la villa es secuestrada y se cobra la cantidad de 50 000 pesos como rescate. Los zañeron huyen a Lambayeque, Túcume, Illimo y Ferreñafe.
Luego el 15 de marzo de 1720 el pueblo sufre una terrible inundación por el desbordamiento de los ríos y acequias después de una lluvia de tres días seguidos. Esto arruinó por completo a la ciudad.
Decaída la ciudad, los españoles dejaron sus casonas al cuidado de los negros quienes celebraban por las noches "ritos paganos". Todos ellos, en un ruedo alumbrado por fogatas, músicos, cantantes y danzarines; al ritmo de palmas y tambores apreciaban a dos parejas al centro realizando una extraña coreografía de la cual nace el "Lundú". Según Luis Roca, otros ritmos zañeron son la "Saña", "Hablan los negros", "Sango" y "Baile tierra". La villa perdió prestancia, prosperidad y población. Nunca más sería la misma en importancia.
Ya en el siglo XIX, en 1874 el Subprefecto de Chiclayo Don José Arbulú indica que Zaña "al convertirse en distrito quedó con los siguientes límites: al norte con Chongoyape, al sur con Chepén, al este con Chota y al oeste con Reque" y lanzó la siguiente predicción "Zaña es un pueblo próximo a extinguirse". Antonio Raymondi había descrito a la villa, en 1868, como "un miserable villorrio en el cual se encontraban mezquinas casuchas".
En cuanto a su población. En 1862 fueron 2063 habitantes; en 1874 eran 2000 habitantes; en 1876 fueron 2759 y en 1896 fueron 2402 habitantes. Todas ellas cantidades muy lejanas a los casi 30 000 habitantes de la villa, entre fines del siglo XVII e inicios del XVIII, cuando era un corregimiento.
