La contaminación es un problema que continúa en crecimiento en la región, en especial por el inadecuado manejo de los residuos sólidos conocidos comúnmente como basura.
De acuerdo a lo informado por la jefa de la Oficina Desconcentrada del Organismo de Evaluación y Fiscalización Ambiental (OEFA), Eliana Grajeda, durante este año a nivel nacional han elaborado un ranking de la gestión de residuos sólidos que realizan las municipalidades que es deficitaria.
Además, de acuerdo al tercer reporte de supervisión a entidades denominada "La inadecuada disposición final de residuos sólidos en Perú", que realizó OEFA, los resultados muestran que entre los departamentos con los botaderos mas críticos se encuentra Cusco, por el botadero de Haquira.
A pesar de que actualmente el botadero de Haquira está siendo regularmente manejado, es un foco infeccioso de alto riesgo que genera contaminación en el aire, tierra y agua.
Por su parte Eliana Grajeda, sostuvo que por el momento en la ciudad se realiza una disposición de residuos sólidos ilegal y lo que se busca es mitigar los impactos que se puedan generar hasta que se cuente con un relleno sanitario.

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