Tras permanecer alejado de la política peruana,  volvió al Perú para postular las elecciones del 2001, sin embargo, Alejandro Toledo ganaría en esa oportunidad y García se convertiría en el líder de la oposición.  

Dieciséis años después de su primer gobierno ganó nuevamente las elecciones generales en segunda vuelta, venciendo a Ollanta Humala. Para no cometer los mismos errores (del 85 al 90) continuó el derrotero económico de Toledo y ejerció una política de austeridad con la inauguración de importantes obras públicas, como la , que fue dejada inconclusa en su primer gobierno. Durante ese período se produjo la "masacre" de Bagua, donde murieron 10 indígenas y 24 policías tras enfrentarse por la toma de carreteras de los pobladores locales que denunciaban la explotación de sus recursos.

En 2013, durante el gobierno de Humala el parlamentario nacionalista Sergio Tejada formó en el Congreso una megacomisión que durante cinco años investigó las presuntas irregularidades del segundo gobierno de Alan García. Pero la comisión no pudo continuar indagando por una acción de amparo y el Poder Judicial anuló todo lo actuado.

En 2016 postuló sin éxito en las elecciones generales en busca de un tercer mandato, pero esta vez en alianza con Lourdes Flores, del PPC. Sin embargo, obtuvo solo el 6 % de la votación.

El 10 de junio de 2018, el fiscal José Domingo Pérez le abrió  a su campaña presidencial en el 2006 y por la corrupción en la adjudicación de los tramos 1 y 2 de la Línea 1 del Metro de Lima.

En octubre del 2018, Carlos Nostre, directivo de Odebrecht, declaró ante los fiscales del Perú que la compañía pagó 24 millones de dólares en sobornos por la Línea 1 del Metro de Lima, de los cuales 14 millones estaban dirigidos supuestamente a altos cargos del gobierno aprista.

En noviembre del 2018, Alan García, quien residía en España, llegó al Perú para ser interrogado por el fiscal . Pero el fiscal suspendió el interrogatorio debido a que decidió ampliar la investigación a los delitos de colusión agravada y lavado de activos, tras conocer nuevos indicios de que García había recibido el pago de 100,000 dólares de Odebrecht a través de un testaferro.

El 17 de noviembre del 2018, el juez Carlos Sánchez Balbuena dictó impedimento de salida por 18 meses contra García, a solicitud del fiscal Domingo Pérez. García aseguró que no era un castigo permanecer en su país, pero al día siguiente se refugió en la residencia del embajador de Uruguay en Lima.

Sin embargo, el 3 de diciembre del 2018, el presidente de Uruguay, Tabaré Vásquez, sostuvo que las investigaciones realizadas concluyen que el caso de Alan García no es "persecución política", por lo que niega el asilo.

El pasado 16 de abril del 2019, Alan García sostuvo no temerle a un eventual pedido de prisión preventiva en su contra como parte de las investigaciones de la Fiscalía por el caso Odebrecht.

Finalmente el 17 de abril del 2019, el Poder Judicial ordenó la detención preliminar de Alan García por el caso Odebrecht. Para evitar su arresto, el expresidente se encerró en un ambiente de su casa y se disparó en la cabeza. De inmediato fue trasladado al hospital Casimiro Ulloa, donde falleció a las 10:05 horas.

Aquí algunas de las obras y momentos más que quedaron registrados para la historia política del Perú.