El informe de la Superintendencia Nacional de Aseguramiento en Salud (SUNASA), a fines del año 2013, concluye que el Hospital San Juan de Dios de Pisco fue considerado de alto riesgo con un porcentaje de 33.68 % de acuerdo a los 44 verificadores evaluados del instrumento de supervisión de emergencia aplicado durante la visita de supervisión los días 12 y 13 de diciembre del año pasado.
Entre las observaciones encontradas está por ejemplo que el Manual de Organizaciones y Funciones es del año 2002, no cuenta con el Manual de Procedimientos de Servicios de Emergencia, no cuenta con registro de pacientes de emergencia por tópicos diferenciados, sala de observación y sala de operaciones de emergencia, etc.
El hospital no cuenta con medicinas básicas para la atención de situaciones de emergencia, no se ha implementado un plan para la rotación de stock y productos próximos a vencer, encontrándose en el coche paro shock trauma medicinas con fecha de caducidad vencida.
Respecto al manejo de residuos en los tópicos de medicina y cirugía, se encontraron desechos comunes en bolsas rojas. No se evidencia una ruta establecida para el envío de bolsas rojas al punto de acopio de residuos; en este lugar se encontraron bolsas rojas en el piso, presencia de moscas y no cuentan con el Manual de Procedimientos de Bioseguridad.
En emergencia se evidenció además la presencia de alimentos en las refrigeradoras, falta de control y registro de temperatura, donde se guardan los reactivos y equipos nuevos que corren el riesgo de malograse si es que no son usados y una cantidad de reactivos con fecha de caducidad vencida. Y en el almacén del hospital se encontraron cajas de medicinas sobre el piso de manera inadecuada.
El informe concluye también que de las tres ambulancias que tiene el hospital solo una se encuentra operativa y no cuenta con medicamentos de emergencia. Solo una de las ambulancias inoperativas presentaba Seguro Obligatorio Contra Accidentes de Tránsito (SOAT).

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